Der Spieler schlüpft in Etrian Odyssey IV: Legends of the Titan in die Rolle eines Abenteurers, der auf der Suche nach den Geheimnissen des Weltenbaums Yggdrasilin in das Land Tharsis reist. Der Story-Mode hält dabei bis zu 40 Stunden Spielspaß bereit. In Etrian Odyssey IV sind tapfere Helden gefragt, die bereit sind weitläufige und gefährliche Dungeons sorgfältig zu erforschen und sich ohne mit der Wimper zu zucken in die fordernden Kämpfe stürzen. Mit Hilfe des vielseitigen Charakterentwicklungssystems können die Charaktere während dieser Abenteuer individuell nach den Wünschen des Spielers ausgebaut und aufgebaut werden. Wer nicht genug von all den gefährlichen Reisen bekommen kann, kann sich Dank eines Luftschiffes auch zu weit entfernten Orten begeben und noch gut zehn weitere Stunden in optionalen Dungeons verbringen, die nicht mit der Haupthandlung verknüpft sind.

Im komplexen Charakterentwicklungssystem kann der Spieler zwischen zehn verschiedenen Spielklassen wählen, die jeweils mit einzigartigen Fähigkeiten und Skill-Bäumen ausgestattet sind. Der Spieler bildet dabei Teams von bis zu fünf selbst erschaffenen Charakteren, um die Stärken und Schwächen der einzelnen Klassen auszugleichen. Darüber hinaus werden zu einem späteren Zeitpunkt neue Unterklassen freigespielt, die weitere individuelle Anpassungen und neue Gruppen-Strategien ermöglichen. Dieses System sorgt für vielfältigen Spielspaß, unglaubliche Freiheiten und einen ganz individuellen Spielstil.

Zudem macht das Spiel Nutzen von einer ganzen Reihe an Features des Nintendo 3DS. So kann man mittels des Touchscreens Dungeons kartographieren, über QR-Codes oder StreetPass Charaktere teilen oder auch zusätzliche Quests und Items herunterladen. 3D wird natürlich ebenfalls unterstützt.