Die Geschichte beginnt nachts irgendwo in Arizona und diesmal nicht im Twin Peaks-Szenario von Bright Falls. Wie schon in den Download-Episoden The Writer und The Signal sind Raum und Zeit verschoben und Alan Wake muss sich wieder gegen die Versessenen, die Taken, mit Taschenlampe und Schießeisen wehren.

Alan Wake gilt zwei Jahre als verschwunden, viele hielten ihn bereits für tot. Das erfährt Alan Wake durch sammeln von Manuskriptseiten, die überall im Spiel herumliegen und mehr Licht in die anfänglich verwirrende Geschichte zu bringen. Alan Wake erfährt im Verlauf der Story von einem dunklen Doppelgänger seines Ich, einer Art Alan American Psycho Wake, der immer wieder seine grausamen Spielchen mit gefangenen Opfern treibt, die Alan Wake im Fernsehen betrachten kann. Der böse Alan Wake taucht immer wieder im Spielverlauf auf und schickt die Taken gegen den guten Alan Wake, den Protagonisten.

Nach und nach gibt es Spuren von Alans Frau Alice, die es nun mit Hilfe des Meisters des Lichts zu finden gilt. Dabei gerät Alan Wake in eine Zeitschleife und alles beginnt von vorne...